Nach der Gründung des Klosters durch Heinrich II. von Rapperswil legten die ersten Mönche unter Prior Konrad den Grundstein für das Kloster.
Zuerst wurde die Kirche erbaut, ein Teil des inneren Konventsgebäudes, das Krankenhaus, die Schutzmauern und das Torhaus. Die Kirche wurde 1256 geweiht. 1285 wurde der nördliche Kreuzgangarm mit den figürlich geschmückten Masswerkverglasungen fertiggestellt. Die Kirche wurde 1294 ein zweites Mal geweiht.
Zweimal musste das Kloster teilweise wiederaufgebaut werden:
1440 nach dem "Alten Zürichkrieg" und 1507 nach dem Klosterbrand. 1517 erfolgte eine erneute Weihe der Kirche. Ab 1517 sind die ersten Scheibenschenkungen bezeugt. Diese stammen aus den besten Glasmalerateliers in Zürich, Bern und Basel.
So zum Beispiel die Figurenscheibe mit den Hl. Barbara und Maria Magdalena aus dem Umkreis von Hans Holbein dem Jüngeren in Basel um 1519, oder der Bildscheibe mit der Anbetung der Könige von Hans Funk aus Bern, 1522. Anstelle des alten mittelalterlichen Armenspitals wurde das Schwesternhaus neu erbaut. Hier befindet sich das heutige Restaurant Sternen.
Die Regierungszeit von Abt Peter Schmid brachte die grössten baulichen Veränderungen mit sich.
Die Klosterkirche wurde umgebaut. Die Bibliothek wurde mit einem Arbeitsraum ergänzt. Die Novizen erhielten neue Räume. Die Sommerabtei und die Abtskapelle entstanden. 1601-1604 erhielt der Mönchschor ein neues Chorgestühl. In den folgenden zwei Jahren wurde der Lettner erbaut. 1606 erhielt die Klosterkirche die figürlichen Stukkaturen, ebenso der Kreuzgang und die Abtkapelle.
1610 wurde das Krankenhaus als Abthaus umgenutzt. Hier wurde 1651 schlussendlich die Winterabtei eingerichtet.
Unter Abt Alberich I. Beusch wurde 1726 das Lusthäuschen im Abtgarten erbaut.
Ein eifriger Bauherr war Abt Peter Kälin, der die Kirche mit einem neuen Hochaltar ausstattete, weitere Seitenaltäre erstellte sowie die figürliche Ausmalung der Kirche, Kanzel und Gegenkanzel in Auftrag gab. 1765/66 baute der bekannte Brückenbauer Hans Ulrich Grubenmann die Limmatbrücke. Ein von Abt Sebastian Steinegger geplanter Neubau für die Kirche und den Konventbau 1795 kam nicht zur Ausführung.
1818 wurde die in den Revolutionskämpfen niedergebrannte Limmatbrücke ersetzt.
Die Klosterkirche erhielt 1821 in neues Mittelschiffgewölbe, welches 1833 mit Fresken versehen wurde. 1825 bis 1835 wurde der Konventgarten an der Südhalde der Halbinsel neu gestaltet. Nach der Klosterauflösung 1841 mussten für die neue Nutzung der Gebäude als Lehrerseminar bauliche Anpassungen vorgenommen werden. Die Konventgebäude war davon betroffen. Andere Gebäudeteile wurden ganz abgerissen.
Viele Klosterliegenschaften kamen 1848 zum Verkauf an Karl Martin Egloff aus Baden: Weiberhaus, Schmiede, Bindhaus mit Wagnerei, Küferwerkstatt, Scheunen, Keller, Getreide- und Sägemühle, Waschhaus, Kanzlerhaus, Fahrwirtshaus und Zollhaus. Johann Wild kaufte Egloff verschiedene Gebäude ab und eröffnete eine Spinnerei an der Limmat.
Durch den Bau der "Gwagglibrugg" wurde 1863 der Fährbetrieb zwischen Damsau und Klosterrüti ersetzt.
Ende des 19. Jahrhunderts wurden die Figuren- und Wappenscheiben im Kreuzgang des Klosters während 13 Jahren (1872-1885) vollständig restauriert.
1907 begann die phasenweise durchgeführte Kirchenrestauration bis 1931. 1930 wurde das Limmatkraftwerk gebaut. 1968 entstand die Hochbrücke Wettingen-Neuenhof als Teil der Autobahn und deren Zubringerstrassen. 1973/74 mussten einige Glasscheiben erneut restauriert werden. 1990 bis 1996 wurde das Kircheninnere und die ehemaligen Konventräume umfassend saniert und alte Bausubstanzen dokumentiert. 1993 bis 2004 wurden sämtliche Glasgemälde restauriert.
2021 wurden mehrere Klosterräumlichkeiten restauriert und für Umnutzungen vorbereitet.
Dazu gehören das Parlatorium, Auditorium, der ehemalige Gartensaal und das Abthaus, welche ab April 2021 von Museum Aargau genutzt werden. Oder der ehemalige Pferdestall (heute Karrenstall), den die Kantonsschule als Musikhaus nutzt.
Im Gartensaal eröffnet das neue Gästezentrum für die Klosterhalbinsel und Museum Aargau seine Tore. Das klösterliche Parlatorium wurde von der Denkmalpflege Aargau aufwändig restauriert und bekommt eine neue Nutzung: Im Rahmen des partizipativen Projekts "Schule
macht Museum" wird im April ein interaktiver
Ausstellungsraum eingerichtet. Der alte Zugang zum Parlatorium wurde wiederhergestellt. Im November 2021 wurde im Aargauischen Grossrat beschlossen, das dritte abgegangene Gebäude des Kreuzgangs wieder aufzubauen.
Das Kloster wurde vor 1227 von Heinrich II. von Rapperswil gestiftet. Laut Gründungslegende hatte Heinrich auf der Rückfahrt von Jerusalem einen schweren Sturm im Mittelmeer überlebt. Für die Rettung hatte er der Heiligen Mutter Maria ein Kloster versprochen.
Schon während der gefährlichen Überfahrt war Heinrich die Heilige Maria als Meeresstern (Maris Stella) erschienen. Bei der Suche nach einem geeigneten Platz für das Kloster sah er diesen Stern wieder – auf der grossen Limmathalbinsel. Hier liess er das Kloster bauen.
Die ersten Zisterziensermönche kamen vom Mutterkloster Salem bei Überlingen an die Limmat. Unter Prior Konrad wurde das Kloster aufgebaut und die Halbinsel urbar gemacht. Das Kloster vermehrte seine Güter durch Zukäufe von Höfen und Rechten, vor allem in der Region.
In der Klosterkirche wurde nach seiner Ermordung am 1. Mai 1308 der Leichnam von König Albrecht I. von Habsburg für 15 Monate untergebracht, bevor er dann in Speyer beigesetzt wurde.
Wettingen versuchte im 14. Jahrhundert, möglichst neutral durch die Wirrungen und Kämpfe zwischen den Habsburgern und Eidgenossen zu kommen. Dies gelang nur teilweise.
Das Kloster Wettingen wurde in den nächsten 200 Jahren von einigen Turbulenzen gebeutelt. 1507 fielen fast die ganze Ausstattung und die Dachstühle einem Grossbrand zum Opfer. Um 1529 trat mehr als die Hälfte der Mönche zum neuen Glauben über. Diese reformierten Mönche lebten weiterhin im Kloster - mit Frauen und Kindern! Nach deren Auszug 1532 zog die Pest durchs Land.
Die Machtübernahme der Eidgenossen um 1415 hatte kaum weitreichenden Folgen. Einzig eine bessere Überwachung der Finanzen durch einen so genannten Schaffner hatte der Abt zu verkraften.
Durch die Reformation wurde das Kloster beinahe aufgelöst. Disziplinarische Schwierigkeiten und die immer noch prekäre finanzielle Lage führten dazu, dass fast alle Mönche zum reformierten Glauben übertraten.
Die äusseren und inneren Wirren (Klosterbrand, Machtwechsel, Kappeler Kriege und Pestwellen) sind die Gründe, wieso kaum Bücher aus der mittelalterlichen Bibliothek des Klosters überlebt haben. Einzig zwei Listen aus dem 13. Jahrhundert geben Hinweise auf die Bücher dieser verlorenen Bibliothek.
Im Jahr 1594 wurde Peter Schmid von Baar Abt des Klosters. Ihm gelang es endlich, die Klosterfinanzen auf sicheren Boden zu stellen. Er restaurierte die Klostergebäulichkeiten und sorgte mit einer Hausschule für eine Ausbildung der Mönche. Das Kloster erhielt neue Heiligenreliquien.
Abt Peter Schmid erachtete es wichtig, dass die Mönche eine gewisse Ausbildung hatten. Er selbst hatte Theologie an der Sorbonne, Frankreich, studiert. Die theologisch-philosophische Hausschule wurde ergänzt mit Studienaufenthalte im nahen Ausland. Die Klosterbibliothek wurde wiedereingerichtet.
Um die klösterliche Gemeinschaft zu stärken, war eine Investition in die Wohnhäuser nötig. Auch reformierte Peter Schmid die Gottesdienstordnung nach tridentinischen Grundsätzen.
Um das Kloster nach aussen zu stärken, kaufte Abt Bernhard Keller zwei Reliquien vom Leutnant der Schweizer Garde, Johann Rudolf Pfyffer, ab. die beiden Katakombenheiligen Getulius und Marianus wurden 1651 feierlich in die Kirche geführt. Wallfahrten zu den heiligen Reliquien brachten Geld und Ansehen nach Wettingen.
Kulturell entstanden bis 1789 verschiedene Chroniken und Bücher, die in der 1673 eingerichteten Klosterdruckerei bei P. Joseph Meglinger gedruckt wurden. Manche Patres waren auch als Komponisten von Messen aktiv.
Die Französische Revolution erfasste nach 1789 alle Länder in Europa. Sie hatte Auswirkungen auf die Lebenswelten der Menschen. Das Kloster Wettingen war mitten im Strudel der Veränderungen, die 1841 in der Klosterauflösung gipfelte.
Mit der Französische Revolution 1789 wurden in Frankreich alle Klöster aufgehoben, auch das Mutterkloster der Zisterzienser in Cîteaux. Viele Geistliche flohen. Im Kloster Wettingen sollen laut Abt Steinegger zwischen 1789 und 1789 über 16000 ausländische Flüchtlinge Unterschlupf gefunden haben.
1798 waren die Franzosen im Anmarsch auf Baden. Die Offiziere suchten sich das Kloster Wettingen als Unterkunft aus. Da die "Gäste" und ihre Dienerschaft, wie auch die Pferde, versorgt werden mussten, belastete diese Zeit die Klosterfinanzen ausserordentlich.
Auch in der neuen Ordnung der Helvetik war das Klosterleben schwierig. Als Staatseigentum angesehen, war das Kloster den politischen Strömungen hilflos ausgeliefert.
Als 1803 der Kanton Aargau gegründet wurde, erhielt das Kloster Wettingen den Auftrag, eine Schule zu führen. Sie sollte dem Kloster eine Existenzberechtigung geben. Ab 1830 verschärfte sich die Lage der Klöster im Aargau. Die Schule wurde durch die Regierung aufgehoben, die Besitzungen verkauft. Im Januar 1841 wurden die Klöster aufgehoben. Die Wettinger Mönche hatte 48 Stunden Zeit, ihr Zuhause zu verlassen. Unter ihnen befand sich auch Alberich Zwyssig, der Komponist der Melodie der heutigen Schweizer Nationalhymne.
Die Klostergüter wurden verkauft und die Erlöse der Aargauischen Staatskasse überwiesen. Die Gerüchte, nach denen im Kloster unschätzbare Kostbarkeiten versteckt seien, konnten bis heute nicht belegt werden.
Die Aufhebung der Klöster erhitzte die Gemüter. Die Wiederherstellung gelang nicht. Ab 1847 beherbergten die Räume des alten Klosters ein Lehrerseminar. 1976 wurde die Kantonsschule Wettingen gegründet.
Auf der Klosterhalbinsel nutzten ab 1857 eine Spinnerei und Weberei die Wasserkraft der Limmat als Energiequelle.
Die Aufhebung der Klöster im Aargauischen Grossrat kam nicht bei allen gut an. Von der schweizerischen Tagsatzung wurde eine Wiederherstellung der Klöster gefordert – ohne Erfolg in Wettingen. Mit einer gemeinnützigen Umnutzung der Gebäude versuchte die Regierung dem Volk die Vorteile aufzuzeigen: Das Lehrerseminar unter der Leitung von Augustin Keller brachte wieder Leben in die Klosterräume. Keller bezog die ehemalige Abtswohnung. Er war als Direktor umstritten,da er der grösste Verfechter der Klosteraufhebung gewesen war.
Bis 1905 wurde das Lehrerseminar als Internat geführt, mit rigidem Tagesablauf, ähnlich dem klösterlichen Leben. Danach wurden auch Auswärtige aufgenommen und 1966 wurden Frauen zugelassen.
Die 1976 gegründete Kantonsschule Wettingen knüpfte mit ihrem pädagogischen Schwerpunkt an das alte Lehrerseminar an.
Heute gehen knapp 1100 Schülerinnen und Schüler auf der Klosterhalbinsel ins Gymnasium oder in die Fachmittelschule. Es ist auch möglich, die zweisprachige Matur (Englisch und Deutsch) abzuschliessen.