Die Französische Revolution erfasste nach 1789 alle Länder in Europa. Sie hatte Auswirkungen auf die Lebenswelten der Menschen. Das Kloster Wettingen war mitten im Strudel der Veränderungen, die 1841 in der Klosterauflösung gipfelte.
Mit der Französische Revolution 1789 wurden in Frankreich alle Klöster aufgehoben, auch das Mutterkloster der Zisterzienser in Cîteaux. Viele Geistliche flohen. Im Kloster Wettingen sollen laut Abt Steinegger zwischen 1789 und 1789 über 16000 ausländische Flüchtlinge Unterschlupf gefunden haben.
1798 waren die Franzosen im Anmarsch auf Baden. Die Offiziere suchten sich das Kloster Wettingen als Unterkunft aus. Da die "Gäste" und ihre Dienerschaft, wie auch die Pferde, versorgt werden mussten, belastete diese Zeit die Klosterfinanzen ausserordentlich.
Auch in der neuen Ordnung der Helvetik war das Klosterleben schwierig. Als Staatseigentum angesehen, war das Kloster den politischen Strömungen hilflos ausgeliefert.
Als 1803 der Kanton Aargau gegründet wurde, erhielt das Kloster Wettingen den Auftrag, eine Schule zu führen. Sie sollte dem Kloster eine Existenzberechtigung geben. Ab 1830 verschärfte sich die Lage der Klöster im Aargau. Die Schule wurde durch die Regierung aufgehoben, die Besitzungen verkauft. Im Januar 1841 wurden die Klöster aufgehoben. Die Wettinger Mönche hatte 48 Stunden Zeit, ihr Zuhause zu verlassen. Unter ihnen befand sich auch Alberich Zwyssig, der Komponist der Melodie der heutigen Schweizer Nationalhymne.
Die Klostergüter wurden verkauft und die Erlöse der Aargauischen Staatskasse überwiesen. Die Gerüchte, nach denen im Kloster unschätzbare Kostbarkeiten versteckt seien, konnten bis heute nicht belegt werden.