Das Kloster Wettingen zählt zu den bedeutendsten Zisterzienserklöstern der Schweiz. Nach seiner Gründung 1227 spielte es über Jahrhunderte eine zentrale Rolle in der religiösen, kulturellen und wirtschaftlichen Entwicklung der Region. Besonders im Mittelalter war das Kloster ein geistiges Zentrum mit weitreichendem Einfluss.
Das Kloster Wettingen wurde 1227 von Ritter Heinrich II. von Rapperswil gestiftet. Heinrich begab sich vor 1223 auf einen Kreuzzug oder eine Pilgerfahrt nach Jerusalem. Laut der Gründungslegende rief er in Seenot die Heilige Maria an und versprach ihr bei Rettung ein Kloster. Darauf erschien ein Stern und die Wellen glätteten sich. Möglicherweise wurde das Kloster in Bezug auf diese Legende "Stella Maris" (Stern des Meeres) genannt. Ob der Name tatsächlich auf die Legende zurück geht, ist allerdings nicht gesichert, da diese erst 280 Jahre nach der Klostergründung verschriftlicht wurde.
Die Mönche des Klosters Wettingen gehörten dem Zisterzienserorden an. Dieser entstand 1098 mit der Absicht, zum Ursprung des monastischen Lebens zurückzufinden. Wie viele Zisterzienserklöster teilte sich die Wettinger Mönchsgemeinschaft in die Gruppe der Chormönche und Konversen (Laienbrüder) auf. Während sich die Chormönche dem Gebet und der Kontemplation – der inneren Sammlung und religiösen Betrachtung von Fragen hingaben – waren die Konversen für die Arbeit auf den Feldern, den Gärten und im Kloster zuständig. Nach der Aufhebung des Klosters 1841 wurde es als Lehrerseminar genutzt und beherbergt seit 1976 die Kantonsschule Wettingen.
Das Kloster Wettingen erlebte über die Jahrhunderte diverse bauliche Veränderungen. Nach Zerstörungen im Alten Zürichkrieg 1440 und dem Brand 1507 musste es teilweise neu aufgebaut werden. Im 16. Jahrhundert erhielt der Kreuzgang die Kabinettscheiben, für die das Kloster noch heute bekannt ist. Im Unterschied zu grossen Kirchenfenstern sind dies kleine Scheiben und für die Betrachtung aus der Nähe angelegt. In der Frühen Neuzeit wurde die Klosterkirche umgebaut, der Mönchschor erhielt ein neues Chorgestühl und es entstanden die Sommerabtei sowie die Abtskapelle.
Nach der Gründung des Kantons Aargau 1803 wurde das Kloster zu einer Schule und ab 1847 in ein Lehrerseminar umfunktioniert. Seit 1976 befindet sich in den ehemaligen Räumlichkeiten des Klosters die Kantonsschule Wettingen. Auch in jüngerer Zeit wurde im Kloster gebaut: Von 2022 bis 2025 entstand ein Ergänzungsbau an der westlichen Kreuzgangseite. Seit dem Abriss des nördlichen Ersttraktes 1883 hatte dort eine Lücke bestanden, welche nun geschlossen wurde.
Nach der Französischen Revolution 1789 veränderten sich die religiösen Lebenswelten in Europa rasant – in Frankreich wurden etwa alle Klöster aufgehoben. Um die Existenz des Klosters Wettingen zu rechtfertigen, erhielt dieses ab 1803 den Auftrag, eine Schule zu führen. Ab 1830 verschlechterte sich die Lage aber, bis der Grossrat 1841 die Aufhebung aller aargauischen Klöster entschied. Gerade mal 48 Stunden blieb den Mönchen, um ihr Heim zu verlassen. Erst nach Jahren fanden die Wettinger Zisterziensermönche in Mehrerau bei Bregenz ein neues Zuhause.
Die Landwirtschaft war ein wichtiger Aspekt für das Kloster Wettingen. Neben einem Gemüse- und Kräutergarten gab es auf der Klosterhalbinsel Wettingen auch Rebstöcke. Die harte körperliche Arbeit auf den Feldern und in den Gärten war Aufgabe der Laienbrüder. Im 19. Jahrhundert wurde der Konventgarten in seiner heutigen Form angelegt. Bereits damals experimentierten die Mönche mit der Zucht und Vermehrung unterschiedlicher Pflanzen.
Seit dem 16. Jahrhundert erscheint die Meerjungfrau im Wappen des Klosters Wettingen. Das Kloster ist der Heiligen Maria gewidmet, die auch als Schutzpatronin der Seeleute gilt. Die Meerjungfrau auf dem Wappen könnte somit als symbolische Darstellung der Maria verstanden werden. Ob dies der Grund für die Wahl des Wappensymbols war, kann jedoch nicht gesichert festgestellt werden.
In den Räumlichkeiten des Klosters Wettingen befindet sich seit 1976 die Kantonsschule Wettingen. Seit 2022 betreibt Museum Aargau auf der Klosterhalbinsel Wettingen ein Museum mit Ausstellungen, Rundgängen, Führungen und Veranstaltungen. Die Inhalte der Ausstellung im Parlatorium wurden in Zusammenarbeit mit Schülern und Schülerinnen der Kantonsschule erarbeitet und werden von diesen an die Besuchenden vermittelt. In weiteren Projekten werden die Inhalte vorzu erweitert.