Die Klosterkirche Wettingen ist durch einen imposanten Lettner in einen geistlichen und einen weltlichen Bereich unterteilt:
Die Klosterkirche kann frei besichtigt werden, regelmässig finden hier Gottesdienste statt. Die Mönchskirche ist Teil des Museums (Besuch mit Eintritt). Weitere Informationen finden Sie unter Öffnungszeiten und Eintrittspreise.
Museum Aargau bietet zudem Führungen für Gruppen und Schulen an. Die Kirche kann auch für kirchliche Trauungen und Taufen sowie weitere Anlässe (u.a. Konzerte) gemietet werden.
Das Kirchenäussere bewahrt noch viel von seinem nüchternen frühgotischen Zuschnitt des 13. Jahrhunderts, lässt jedoch die Eingriffe der Neuzeit erkennen. Besondere Barock-Akzente setzt das 1760 erneuerte Portal an der Vorhalle: mit einer Figurengruppe der Muttergottes und den Begründern des Ordens, dem Hl. Bernhard und Robert de Molesme.
Der von einer Zwiebel gekrönte Dachreiter stammt aus der gleichen Zeit. Neben dem Hauptportal befindet sich eine Gedenktafel zu Ehren Alberich Zwyssigs, Komponist des Schweizerpsalms und Zisterziensermönch.
Die gotische Grundstruktur der Kirche ist am Kreuzrippengewölbe der Seitenschiffe und der spitzbogigen Säulenreihe immer noch zu erkennen. Die romanisch-gotische Basilika wurde im Inneren barockisiert. Zierbänder und Stuckfiguren von Heiligen hingegen sind spätere Zutaten. Die reiche Bebilderung folgt klaren Regeln.
Seinen Namen und das Wappen verdankt das Kloster seiner Gründungslegende (siehe Klostergeschichte). Auf diese Legende sich auch das grosse Tafelbild. Dieses hängt an der Westwand der Laienkirche und stellt die "stürmische Meerfahrt" sowie das Erscheinen des Mariensternes dar.
In der Mitte der beiden Seitenschiffe befindet sich jeweils ein Bild, das in Verbindung zur Überführung der Reliquien von Marianus und Getulius 1651 steht. Im Nordschiff erinnert das um diese Zeit geschaffene Grisaillebild des Künstlers Rudolf Schwerter aus Baden direkt an die Überführung. Das anonyme Gemälde von monumentalem Ausmass auf der gegenüberliegenden Seite erinnert an die 100-Jahrfeier der Überführung. Diese Feier war eines der prunkvollsten Barockfeste des Aargaus. Ab diesem Zeitpunkt war die Kirche auch zum ersten Mal der allgemeinen Öffentlichkeit zugänglich.
Ebenfalls in der Konversenkirche finden sich zwei Steinsarkophage der Häuser Kyburg und Habsburg sowie Bodengrabplatten aus dem 13. Jahrhundert.
Das Zentrum des Hochaltars bildet die Szenerie einer Himmelfahrt Marias, vor dem Hintergrund des Lichts, das durch die Fenster fällt. Die Kapellenaltäre, der Abtsthron und Zelebrantensitze bilden mit dem Hochaltar eine stimmige Einheit.
Besonderen Ruhm geniesst das reich geschnitzte Chorgestühl. Seine rechtwinklige Gliederung ist ganz der Renaissance verschrieben. Gotische Züge erkennt man noch in den überlängten Gewandfiguren unter den Säulenarkaden. In den Schnitzereien entfaltet sich eine humorvolle Künstlerphantasie in Rankenfriesen, Tieren, Fratzen, Arabesken und Fruchtgehänge.
In der Klosterkirche Wettingen befinden sich insgesamt acht Glocken, die eine vollständige C-Dur-Tonleiter bilden. Die Glocken befinden sich hinter den Jalousien, die von Auge von aussen her gut sichtbar sind. Im Zwiebelturm selbst befinden sich vier Glocken.
Wie allgemein üblich schlagen die Glocken jede Viertelstunde. Schwingend geläutet werden die Glocken lediglich am frühen Samstagabend und am Sonntag, sowie auf Wunsch als sogenanntes Kasualläuten bei amtlichen Anlässen wie Taufen, bei Hochzeiten zum Ein- und Auszug des Brautpaares oder bei Abdankungen.