L’abbatiale de Wettingen est divisée par un imposant jubé en deux parties, l'une spirituelle et l'autre séculière:
L’abbatiale peut être visitée librement et des services religieux y sont régulièrement organisés. L'église des moines fait partie du musée (visite avec entrée payante). Pour plus d'informations, voir Heures d'ouverture et tarifs.
Museum Aargau propose en outre des visites guidées pour les groupes et les écoles. L'église peut également être louée pour des mariages et des baptêmes religieux ainsi que pour d'autres événements (entre autres des concerts).
L'extérieur de l'église conserve encore beaucoup de sa sobriété du gothique primitif du XIIIème siècle, mais laisse apparaître les interventions des temps modernes. Le portail du porche, rénové en 1760, est particulièrement baroque, avec un groupe de statues représentant la Vierge et les fondateurs de l'ordre, Saint Bernard et Robert de Molesme.
Le clocheton couronné d'un bulbe date de la même époque. A côté du portail principal se trouve une plaque commémorative en l'honneur d'Alberich Zwyssig, compositeur du cantique suisse et moine cistercien.
La structure de base gothique de l'église est toujours présente dans les voûtes sur croisée d’ogives des nefs latérales et dans la rangée de colonnes ogivales. L'intérieur de la basilique romano-gothique a été baroquisé. Les frises décoratives et les figures de saints en stuc sont en revanche des ajouts ultérieurs. La riche iconographie suit des règles claires.
Le monastère doit son nom et ses armoiries à la légende autour de sa fondation (voir Histoire de l'abbaye de Wettingen). Un grand tableau se réfère également à cette légende. Il est accroché au mur ouest de l'église laïque et représente la "traversée tumultueuse de la mer" ainsi que l'apparition de l'étoile de Marie.
Au milieu de chacune des deux nefs latérales se trouve un tableau en rapport avec le transfert des reliques de Marianus et Gétule en 1651. Dans la nef nord, le tableau en grisaille réalisé à la même époque par l'artiste Rudolf Schwerter de Baden rappelle directement ce transfert. Sur le côté opposé, la peinture anonyme de dimension monumentale évoque le centenaire du transfert. Cette célébration fut l'une des fêtes baroques les plus fastueuses d'Argovie. C'est également à partir de cette date que l'église a été ouverte pour la première fois au grand public.
L’église laïque héberge également deux sarcophages en pierre des maisons de Kybourg et de Habsbourg ainsi que des dalles funéraires au sol datant du XIIIème siècle.
Une scène d'ascension de Marie, sur fond de la lumière passant à travers les fenêtres, constitue le centre du maître-autel. Les autels des différentes chapelle, le trône de l'abbé et les sièges des célébrants forment un ensemble cohérent avec le maître-autel.
Les stalles du chœur, richement sculptées, jouissent d'une renommée particulière. Leur structure aux angles droits est entièrement de style Renaissance. On reconnaît encore des traits gothiques dans les statues en surplomb sous les arcades des colonnes. Les sculptures sur bois dénotent d’une imagination artistique pleine d'humour qui se déploie dans des frises de vrilles de feuilles, des animaux, des visages grotesques, des arabesques et des grappes de fruits.
L'abbatiale de Wettingen abrite au total huit cloches qui forment une gamme complète de do majeur. Les cloches se trouvent derrière des persiennes et sont bien visibles depuis l'extérieur. Quatre cloches se trouvent dans le clocheton à bulbe lui-même.
Comme c'est généralement le cas, les cloches sonnent tous les quarts d'heure. Plus longuement, elles ne sonnent que le samedi en début de soirée et le dimanche, ainsi que, sur demande, lors d'événements officiels comme les baptêmes, les mariages (pour l'entrée et la sortie des mariés) et les funérailles.
