Die Gründung des Klosters Königsfelden geht auf die Ermordung des habsburgischen Königs Albrecht I. im Jahr 1308 zurück. Seine Ehefrau Königin Elisabeth liess am Ort seiner Ermordung eine Kapelle errichten. 1310 begann der Bau des Klosters Königsfelden, das später zu einer Gedenk- und Ruhestätte für viele Habsburger wurde.
Das Kloster Königsfelden war ein Doppelkloster, wo sowohl eine weibliche als auch eine männliche Ordensgemeinschaft lebte: Im Süden der Kirche befand sich ein Konvent für Klarissen und im Norden einer für Franziskaner. Beide waren Bettelorden, das heisst sie lebten in Armut und sicherten ihre Lebensgrundlage durch Predigten und das Betteln um Almosen. Viele der Nonnen stammten allerdings aus dem Hochadel und brachten grosse Vermögen ins Kloster.
Agnes von Ungarn, Tochter von König Albrecht I. und Königin Elisabeth, war ab 1316 die prägende Figur im Kloster Königsfelden. Sie leitete die Gemeinschaft bis 1364 und stattete das Kloster mit weiteren Gütern und Einkünften aus. Agnes war auch dafür verantwortlich, dass der Chor mit den kunstvollen Glasfenstern ausgestattet wurde. Daneben war sie politisch für die Habsburger tätig und wurde als Vermittlerin bei Konflikten in den habsburgischen Vorlanden herbeigezogen. Mit dem Tod von Agnes endete die direkte Verbindung zwischen Kloster und Stifterfamilie. Macht und Reichtum des Klosters schwanden in der Folge.
Die farbigen Glasfenster im Kloster Königsfelden entstanden zwischen 1320 und 1360 und bilden einen Höhepunkt der europäischen Glasmalerei des 14. Jahrhunderts. Die Fenster im Chor zeigen das Leben und Sterben Christi, umgeben von den Aposteln und unterschiedlichen Heiligen. Zuunterst in den Scheiben sind auch die habsburgischen Stifter und Stifterinnen zu sehen.
Folgende Habsburger und Habsburgerinnen wurden in Königsfelden beigesetzt und später exhumiert und an andere Orte verlegt:
Neben Mitgliedern der Habsburger-Familie wurden nach der Eroberung des Aargaus 1415 auch einige Berner in der Klosterkirche Königsfelden begraben. Alle Habsburgerinnen und Habsburger wurden im 18. Jahrhundert exhumiert und an andere Orte verlegt.
Im Zuge der Reformation hob Bern 1528 das Kloster Königsfelden auf. Zu der Zeit lebten nur noch etwa sechs Nonnen in Königsfelden. Bereits 1523 wollten viele der dreissig Nonnen aus dem Kloster austreten, um ein gottgefälliges weltliches Leben im reformierten Sinn führen zu können. Ab 1524 wurde ihnen der Austritt durch den Berner Rat gestattet, der ihnen zudem ein Darlehen gewährte. Nachdem sowohl die Mönche als auch die Nonnen das Kloster verlassen hatten, verlor es seine religiöse Funktion endgültig.
Seit 2009 gehört die Klosterkirche Königsfelden zu Museum Aargau. In der Kirche finden Ausstellungen und Veranstaltungen statt.
