Königin Elisabeth stiftete mit ihren Söhnen das Doppelkloster Königsfelden zur Erinnerung an ihren ermordeten Gatten, König Albrecht von Habsburg.
Unmittelbar nach dem Mord 1308 hatte Elisabeth am Tatort eine Kapelle errichten lassen. Im Herbst 1310 begannen die Bauarbeiten für die Kirche und das Kloster.
Im Zentrum der Anlage sollte sich die Klosterkirche erheben als turmloses, dreischiffiges Langhaus im Stil der Bettelordensarchitektur. Die Bauarbeiten schritten zügig voran – in ein, zwei Jahren war das Kirchenschiff fertig; der Dachstuhl des Mittelschiffs datiert von 1314. Die Fenster erhielten Scheiben mit Ornamenten.
Im östlichen Mittelschiff befindet sich seit 1316 die habsburgische Grablege. Über der Gruft steht ein Kenotaph – ein Scheingrab – aus schwarzem und weissem Marmor.
Der Chor mit dem Hochaltar und drei weiteren Altären erhielt 1330 die Weihe. Zu diesem Zeitpunkt waren erst die drei zentralen Christus-Fenster eingesetzt; die übrigen Fenster dürften blank verglast oder gar nur provisorisch verschlossen gewesen sein.
Die Klosterbauten stammen von 1313. Südlich der Kirche standen die Gebäude für die Klarissen, nördlich diejenigen der Franziskaner.
Um 1340 liess Königin Agnes den Chor mit den beiden Märtyrer-Fenstern sowie den beiden Apostel-Fenstern ausstatten.
Zuunterst in den Fenstern waren die Wohltäter des Klosters dargestellt. Das Bild von Agnes und ihrem Gatten ging verloren. Obwohl die Chorfenster ein planmässiges Bildprogramm präsentieren, entstanden sie in Etappen. Nach 1340 folgten die vier Heiligenfenster des Chors. Die Glaskünstler stammten wohl vorwiegend aus dem oberrheinischen Raum um Basel.
Die figürlichen Fenster in den Seitenschiffen bestellte Agnes nach dem Tod ihres Bruders und Vormunds Albrecht II. im Jahr 1358. Von den ursprünglich 14 Darstellungen habsburgischer Familienmitglieder sind nur noch zwei erhalten.
Unter der Berner Herrschaft ab 1415 blieben Habsburgische Stiftungen aus und im Baubestand änderte sich nur wenig.
1508 liess Bern das Kircheninnere erstmals renovieren. Die Glasscheibe mit der Darstellung Evas stammt aus dieser Zeit.
Nach der Reformation von 1528 benutzte Bern die Kirche als Magazin. Das Grabmal blieb bestehen und der Kenotaph erhielt vor 1555 eine Schranke, auf der die Namen der Bestatteten verzeichnet sind.
Das ehemalige Frauenkloster beherbergte nun ein «Toubhüsli», einen Verwahrungsort für Geisteskranke.
Um 1600 liess Bern die Hofmeisterei westlich des Frauenklosters mit Schneggenturm, Wappentafel und Renaissanceportal ausbauen. Die Hofmeisterei bildete mit Scheunen und Stallungen ein Geviert um den noch erhaltenen achteckigen Brunnen.
1777 baute Bern die Kirche zum Kornhaus um und liess dafür
Zwischenböden ins Kirchenschiff ziehen. Zuvor überführten die Habsburger die Gebeine aus der Familiengruft ins Kloster Sankt Blasien im Schwarzwald. Im Chor der Kirche war jetzt ein Spital untergebracht, in den Klostergebäuden ein Armenasyl.
Die Klosterbauten dienten dem 1803 gegründeten Kanton Aargau als Kranken- und Irrenanstalt. Der Kanton erkannte die Bedeutung der Glasmalereien und begann ab den 1830er Jahren, die grössten Schäden an den Scheiben zu reparieren.
In den 1860er Jahren beschloss die Regierung, ein neues Spitalgebäude zu bauen, das 1872 eröffnete. Das Männerkloster liess sie bis auf das Archivgewölbe abbrechen.
Ab 1891 befreite der Kanton Aargau das Kirchenschiff von den Einbauten. 1896-1900 restaurierte der Glasmaler Richard A. Nüscheler die Chorfenster mit dem Ziel, die Scheiben wieder vollständig herzustellen.
Während des Zweiten Weltkriegs wurden die Glasfenster ausgebaut und zunächst im Luftschutzkeller der psychiatrischen Klinik in Sicherheit gebracht. Als sich die Kriegslage 1944 verschärfte, evakuierte man die Scheiben in einen Felsenkeller von Schloss Lenzburg.
Beim Wiedereinbau 1947 erhielten die Scheiben eine Schutzverglasung.
1983 wurde der ursprüngliche Lettner von 1312 rekonstruiert – die Schranke zwischen Kirchenschiff und Chor.
1987 bis 2002 restaurierten Fritz Dold und Urs Wohlgemuth die Chorfenster und versahen sie mit einer neuen Schutzverglasung. Abgase aus dem Strassenverkehr hatten ihnen zugesetzt.
2019 erhielt die Westfassade der Klosterkirche eine Restauration.
Der römisch-deutsche König Albrecht I. von Habsburg wurde am 1. Mai 1308 auf dem Feld bei Windisch ermordet – von seinem eigenen Neffen, Herzog Johann. Der fühlte sich von seinem Onkel ums Erbe betrogen.
Der Mord erschütterte das Haus Habsburg, verlor die Familie mit dem Fall Albrechts doch auch die Reichskrone. Zum Gedenken an den Ermordeten liess die Königswitwe, Elisabeth von Görz-Tirol, am Tatort eine Kapelle mit einem Haus für zwei Franziskaner errichten.
1310 veranlasste Elisabeth zusammen mit ihren Kindern den Bau eines Doppelklosters für Klarissen und Franziskaner. Zur Erinnerung an König Albrecht erhielt es den Namen Königsfelden. Die Familie stattete das Kloster reich mit Besitz und Einkünften aus. Nonnen und Mönche sollten fürs Seelenheil des Ermordeten und seiner Angehörigen beten.
1312 zogen die ersten sechs Nonnen im Kloster ein. Königin Elisabeth verstarb ein Jahr darauf in Wien, bevor das Kloster fertig gebaut war. Sechs Franziskaner waren für die Messe und die Seelsorge des wachsenden Frauenklosters zuständig.
Agnes, Tochter des ermordeten Albrechts, bestimmte für die nächsten fünfzig Jahre die Geschicke des Klosters. Sie hatte ihren Gatten, König Andreas III. von Ungarn, früh verloren und kam 1316 als Witwe nach Königsfelden
Agnes bestattete die Gebeine ihrer Mutter Elisabeth in der Klosterkirche. In der Gruft fanden zehn weitere Habsburger ihre letzte Ruhestätte, auch Agnes selbst. Albrechts Leichnam hingegen gelangte nach Speyer, wo die Könige im Dom ihre Grablege hatten.
1317 liess sich Agnes in Königsfelden nieder, ohne ins Kloster einzutreten. Sie bezog ein Haus südlich neben der Kirche. Als einzige Frau hatte sie Zugang zum Chor – durch eine eigene Pforte.
1320 weihte der Bischof von Strassburg die Kirche. Als 1330 auch der Chor stand, weihte der Konstanzer Bischof die Kirche Maria und allen Heiligen.
Dank Stiftungen von Agnes und ihren Geschwistern verdoppelte sich 1337 der Franziskanerkonvent auf zwölf Mönche. Die Zahl der Nonnen setzte Agnes auf vierzig fest. Sie stammten mehrheitlich aus dem Hochadel und brachten grosses Vermögen ins Kloster.
Agnes prägte die Organisation des Klosters bis zu ihrem Tod mit 83 Jahren. Sie stattete das Kloster mit zahlreichen Schenkungen aus und trat als Vermittlerin bei politischen Konflikten in den habsburgischen Vorlanden auf.
Mit Agnes‘ Tod endete die direkte Verbindung des Klosters zur Stifterfamilie. Ab 1364 vertrat ein Hofmeister das Frauenkloster in weltlichen Angelegenheiten. Macht und Reichtum des Klosters schwanden.
In der Schlacht bei Sempach 1386 verlor das Ritterheer Herzog Leopolds III. von Habsburg gegen die Eidgenossen. Der Herzog und 26 seiner Ritter wurden in der Klosterkirche begraben. Das Totengedenken umfasste neben der Stifterfamilie nun auch die Parteigänger Habsburgs.
Mit der Eroberung des Aargaus geriet das Kloster Königsfelden 1415 unter Berner Herrschaft. Nun verwaltete ein Berner Hofmeister das Kloster und seinen Besitz, das Eigenamt. Einige Hofmeister liessen sich in der Klosterkirche begraben.
In der Reformation von 1528 hob Bern das Kloster auf. Damals lebten noch etwa sechs Nonnen in Königsfelden unter der Äbtissin Katharina von Waldburg. Habsburg versuchte vergeblich, das Totengedenken aufrechtzuerhalten.
Schon ab 1523 wollten viele der etwa dreissig Nonnen aus dem Kloster austreten, um der reformierten Lehre gemäss ein gottgefälliges Leben in der Welt zu führen. Ab 1524 gestattete ihnen der Berner Rat den Austritt. Da das Vermögen der Frauen dem Kloster gehörte, gewährte Bern ihnen ein Darlehen. Im Gegenzug schmolz Bern einen Teil des Klosterschatzes zu Münzen ein. Drei Hauptwerke aus dem Klosterschatz befinden sich heute im Historischen Museum Bern.
1803 ging das Kloster Königsfelden in den Besitz des neu gegründeten Kantons Aargau über. Dieser nutzte die alten Klosterbauten als Heil- und Pflegeanstalt. 1872 öffnete der Neubau ausserhalb der einstigen Klostermauern; die heutige psychiatrische Klinik.
Die Kantonsarchäologie sorgte dafür, dass die Kirche öffentlich zugänglich war. Seit 2009 gehört die Klosterkirche Königsfelden zum Museum Aargau. In der Kirche finden Ausstellungen und Veranstaltungen statt.