Die Klosterkirche Königsfelden war einst der Mittelpunkt einer grossen und bedeutenden Doppelklosteranlage der Bettelorden der Franziskaner und Klarissen. Sie diente nicht nur als Lebenszentrum der dortigen Mönche und Nonnen, sondern war vor allem als Erinnerungsort für den ermordeten König Albrecht und der habsburgischen Dynastie an sich geplant.
Vor über 700 Jahren stiftete die habsburgische Königin Elisabeth von Görz und Tirol das Kloster Königsfelden. Sie reagierte so auf die Ermordung ihres Gatten, König Albrecht I. von Habsburg, im Jahr 1308. Für das Seelenheil von König Albrecht und anderer verstorbener Familienmitglieder wurde das Kloster als Erinnerungsort erbaut. Davon zeugen auch das Kenotaph (Scheingrab) mit der darunter liegenden Gruft, die heute allerdings keine Gräber mehr beherbergt. Nach Königin Elisabeth wurden weitere zehn Habsburgerinnen und Habsburger hier bestattet.
Die Kirche ist eine Basilika. Dieser Bautyp besteht aus einem Langhaus, das in drei Teile aufgeteilt ist: das erhöhte Mittelschiff, beleuchtet durch eigene Fenster, sowie zwei kleinere Seitenschiffe. Das Langhaus mündet in den Chor, vor dem eine Schranke steht, der sogenannte Lettner.
Der Chor stellt nicht nur im Hinblick auf die Glasmalerei der Fenster, sondern auch architektonisch den Höhepunkt des Kirchenbaus dar. Der Schlussstein im Zentrum der Decke ist mit Christus und seitlich mit der Inschrift "Rex Albertus" (König Albrecht) verziert. Darunter stand einst der Hauptaltar der Klosterkirche. Der ermordete König ist somit im Allerheiligsten der Kirche präsent.
Rechts, in der Südwand, ist ein Becken, die sogenannte Piscina eingelassen: Sie diente der liturgischen Handwaschung. Daneben sind die Sitze der Priester in den Stein gehauen. Der Boden des Chors ist in einigen Teilen noch der Originalboden aus dem 14. Jahrhundert. Fehlende Teile wurden im gleichen Stil ersetzt.
Gleich neben dem Kenotaph ist ein sehr seltenes Objekt zu besichtigen. Es handelt sich um eine mobile Holzkanzel, die 2011 analysiert wurde. Sie stammt aus der Gründungszeit des Klosters (1314–1330). Es gibt nur wenige Kanzeln dieses Typs, die bis heute erhalten sind.
Im Langhaus befinden sich zahlreiche Grabplatten. Der grössere Teil stammt aus der Zeit der Berner Herrschaft, wenige von Gräbern des Mittelalters. An der Wand des nördlichen Seitenschiffs links ist eine gemalte Tafel aus dem 17. Jahrhundert zu sehen. Sie zeigt im Zentrum Herzog Leopold III. von Habsburg. Er wird flankiert von 27 Rittern, die alle mit ihm in der Schlacht von Sempach 1386 gefallen waren. Leopold III. war der letzte in der Königsfelder Gruft bestattete Habsburger.
An der gegenüberliegenden Wand findet sich eine weitere Tafel mit den Wappen der Berner Hofmeister, die nach dem Ende der Habsburger Herrschaft das Kloster verwalteten.
Blickt man vom Chor her ins Langhaus, fällt links auf der Höhe der Fenster gleich beim Eingang eine zugemauerte Tür auf. Sie war früher die Verbindung zwischen dem Frauenkloster und der Kirche und führte auf eine heute nicht mehr existierende Nonnenempore. Dort konnten die Nonnen an den Messen in der Kirche teilnehmen.
Bei der Gründung des Klosters Königsfelden wurde in der Stiftungsurkunde festgehalten, zwei Konvente auf dem Areal anzusiedeln. So entstand die Doppelklosteranlage.
Ursprünglich war die Kirche von beiden Seiten mit je einem Konvent eingefasst: Nördlich lag der Franziskanerkonvent, von dem lediglich das sogenannte Archivgewölbe – der eigentliche Zweck des Raums ist bis heute unbekannt – dem Abbruch 1870 entging. In ihm sind Wandmalereien mit den gefallenen Rittern aus der Schlacht von Sempach 1386 zu sehen. Diese Darstellungen waren die Vorbilder für die im 17. Jahrhundert angefertigte hölzerne Tafel, die sich im Langhaus der Klosterkirche befindet. Die restlichen Gebäudeteile des Franziskanerklosters sind durch in den Boden eingelassene Steinplatten markiert.
Südlich stehen noch Teile des Nonnenkonvents, zum Beispiel der Kreuzgang. Die umliegenden Gebäude geben in ihrer heutigen Ausdehnung nur noch einen ungefähren Eindruck der ehemaligen grossen Klosterbauten an dieser Seite. Auf dem Rückweg zur Kirche führt der Spaziergang durch einen ehemaligen Wirtschaftshof mit verschiedenen Gebäudeteilen. Diese Bauten wurden in bernischer Zeit neu errichtet oder stark umgestaltet, namentlich die Hofmeisterei mit ihrem markanten Treppenturm und dem Renaissance-Portal.
Der ganze Bereich westlich der Kirchenfassade war im Mittelalter von Wirtschaftsbauten des mächtigen Klosters Königsfelden umgeben.
