Am Tatort des Mords an König Albrecht I. entstand ein Erinnerungsort der Habsburger Familie. Die Glasfenster in der Klosterkirche Königsfelden stellen den höchsten Grad an handwerklichem Können der Zeit dar und trugen zum Ruhm der gesamten Klosteranlage bei. Die zwischen 1320 und 1360 entstandenen Fenster gehören zu den herausragenden Werken der europäischen Glasmalerei im Spätmittelalter.
Stifter der Chorfenster waren die Angehörigen des ermordeten Königs Albrecht I., zum Beispiel seine Frau Elisabeth, seine Tochter Agnes oder seine Söhne. Ihre Bildnisse sind in einigen Fenstern zu finden.
Trotz einiger Zerstörungen auf der Südseite des Chors ist keines der Fenster vollständig verloren gegangen. Somit verfügt die Klosterkirche Königsfelden über ein fast geschlossenes Bildprogramm.
Das Bildprogramm im Chor ist jeweils paarweise gegliedert, und zwar gegenüberliegend. Auf der Nordseite (links) finden sich die Fenster mit Darstellungen aus dem Leben der heiligen Anna und anschliessend des heiligen Franziskus, Ordensgründer der Franziskaner. Diese korrespondieren mit den Figuren auf der Südseite (rechts): die heilige Klara, Ordensgründerin der Klarissen, und daneben der heilige Nikolaus.
Danach folgen gegenüberliegende Aposteldarstellungen. Die Franziskaner orientierten sich stark an den Aposteln als direkte Zeugen des Lebens Jesu. Anschliessend folgt das Fensterpaar mit Darstellungen Paulus’ und Marias sowie Johannes des Täufers und der heiligen Katharina.
Das Programm mit mannigfachen, teils gemeinsamen Beziehungen von Stifterfamilie und Orden wurde wohl von Ordenstheologen und habsburgischen Hofgelehrten zusammengestellt.
Im Zentrum des Chors und als Höhepunkt ist die Passion Christi, die Kreuzigung, dargestellt. Links davon wird die Kindheit Jesu bis zur Taufe durch Johannes behandelt. Rechts von der Passion finden sich Auferstehung und Pfingstwunder.
Unter der wechselvollen Geschichte von Kirche und Kloster haben auch die Glasmalereien gelitten. Durch verschiedene Um- und Einbauten im Langhaus wurde ein grosser Teil der dortigen Fenster zerstört, wo ausgewählte Vertreter des Hauses Habsburg dargestellt waren.
Die Zerstörung machte auch vor den Glasfenstern im Chor nicht halt. Diese wurden jedoch entweder zeitgemäss erneuert oder durch andere Scheiben ersetzt. Eine durchgreifende Erneuerung der Fenster nahm Glasmaler Richard Nüscheler zwischen 1896 und 1900 vor. Soweit möglich, rekonstruierte er die Fenster nach der ursprünglichen Konzeption.
Die umfassende Restaurierung und Konservierung der Chorfenster in den Jahren 1988 bis 2002 respektierte diese Rekonstruktion mit wenigen Ausnahmen.
