Entstanden sind die Glasfenster zwischen 1320 und 1360. Stifter waren Angehörige des ermordeten Königs Albrecht I., darunter seine Frau Elisabeth und seine Tochter Agnes. Ihre Bildnisse sind in einigen Fenstern zu finden. Die Glasfenster sind somit auch Symbol der herausragenden Stellung der Habsburger im 14. Jahrhundert, die sich in die Heilsgeschichte integrieren.
Die insgesamt 11 Chorfenster stellen in ihrer Farbigkeit, Detailtreue und ikonografischen Dichte den höchsten Grad an handwerklichem Können im Spätmittelalter dar. Das komplexe Bildprogramm wurde wohl von Ordenstheologen und habsburgischen Hofgelehrten zusammengestellt.
Die dreibahnigen Fenster sind jeweils paarweise gegenüberliegend angeordnet: Auf der Nordseite (links) finden sich die Fenster mit Darstellungen aus dem Leben der heiligen Anna und anschliessend des heiligen Franziskus, Ordensgründer der Franziskaner. Diese korrespondieren mit den Figuren auf der Südseite (rechts): die heilige Klara, Ordensgründerin der Klarissen, und nebenan der heilige Nikolaus. Danach folgen gegenüberliegende Aposteldarstellungen. Die Franziskaner orientierten sich an den Aposteln als direkte Zeugen des Lebens Jesu. Anschliessend folgt das Fensterpaar mit Darstellungen Paulus’ und Marias sowie Johannes des Täufers und der heiligen Katharina.
Im Zentrum des Chors und als Höhepunkt ist die Passion Christi mit der zentralen Darstellung der Kreuzigung dargestellt. Links davon wird die Kindheit Jesu bis zur Taufe durch Johannes gezeigt. Rechts vom Passionsfenster finden sich die Auferstehung Christi und das Pfingstwunder.
Unter der wechselvollen Geschichte von Kirche und Kloster haben auch die Glasmalereien gelitten. Diese wurden jedoch entweder zeitgemäss erneuert oder durch andere Scheiben ersetzt. Eine durchgreifende Erneuerung der Fenster nahm Glasmaler Richard Nüscheler zwischen 1896 und 1900 vor. Soweit möglich, rekonstruierte er die Fenster nach der ursprünglichen Konzeption.
Somit verfügt die Klosterkirche Königsfelden über ein fast geschlossenes Bildprogramm. Die umfassende Restaurierung und Konservierung der Chorfenster in den Jahren 1988 bis 2002 respektierte diese Rekonstruktion mit wenigen Ausnahmen.
