Un site commémoratif de la famille des Habsbourg fut établi sur le lieu où fut assassiné le roi Albert Ier. Les vitraux de l’église du couvent de Königsfelden représentent le summum du savoir-faire artisanal de l’époque, et ont contribué au prestige du couvent dans son ensemble. Ces vitraux réalisés entre 1320 et 1360 comptent parmi les ouvrages les plus remarquables de peinture sur verre de la fin du Moyen Âge en Europe.
On doit les vitraux du chœur aux dons des proches du roi assassiné Albert Ier, par exemple de son épouse Elisabeth, de sa fille Agnès ou de ses fils. Leurs portraits figurent sur certains de ces vitraux.
Malgré quelques destructions qui frappèrent le côté sud du chœur, aucun de ces vitraux n’a été complètement perdu. L’église du couvent de Königsfelden possède donc un cycle iconographique presque complet.
Les vitraux dans le chœur sont structurés par paires qui se font face. Du côté nord (à gauche), on trouve des représentations de scènes de la vie de Sainte Anne, puis de Saint François, le fondateur de l’ordre des Franciscains. Elles correspondent aux personnages du côté sud (à droite): Sainte Claire, fondatrice de l’ordre des Clarisses, et à côté d’elle Saint Nicolas.
Suivent ensuite des représentations d’apôtres qui se font face. Les Franciscains accordaient une grande importance aux apôtres, témoins directs de la vie de Jésus.
Il y a enfin une paire de fenêtres représentant Saint Paul et Sainte Marie, ainsi que Saint Jean Baptiste et Sainte Catherine.
Le programme iconographique, avec de nombreux liens parfois communs avec la famille des donateurs et l’ordre religieux, a sans doute été composé par des théologiens de l’ordre et des savants de la cour des Habsbourg.
Au centre du chœur et constituant son apogée, on voit la Passion du Christ, la crucifixion. À gauche, les vitraux représentent l’enfance de Jésus jusqu’au baptême par Saint Jean Baptiste. À droite de la Passion, on trouve la Résurrection et le miracle de la Pentecôte.
Les vitraux également ont souffert de l’histoire mouvementée de l’église et du couvent. Différents travaux de transformation et ajouts dans la nef ont détruit une grande partie des vitraux qui s’y trouvaient, représentant des personnalités sélectionnées de la famille des Habsbourg.
Les vitraux du chœur non plus ne furent pas épargnés. Ils furent toutefois soit restaurés selon les acquis de l’époque, soit remplacés.
Une restauration des vitraux de fond en comble fut effectuée entre 1896 et 1900 par le peintre sur verre Richard Nüscheler. Il s’efforça dans toute la mesure du possible de reconstruire les vitraux selon la conception d’origine.
La restauration et conservation complète des vitraux du chœur entre 1988 et 2002 respecta cette reconstruction à quelques exceptions près.
