L’église du couvent de Königsfelden constituait jadis le cœur d’un vaste double ensemble conventuel des ordres mendiants des Franciscains et des Clarisses. Elle ne s’inscrivait pas seulement au centre de la vie des moines et des religieuses, mais était surtout conçue comme site commémoratif du roi Albert assassiné et de la dynastie des Habsbourg.
Il y a plus de 700 ans, la reine habsbourgeoise Elisabeth de Carinthie, de Görz et du Tyrol fonda le couvent de Königsfelden. Elle réagissait ainsi à l’assassinat de son époux, le roi Albert Ier de Habsbourg, en 1308. Le couvent fut construit à la mémoire et pour le salut de l’âme du roi Albert et d’autres membres décédés de la famille. Le cénotaphe (monument funéraire sans corps) avec la crypte en dessous, qui ne contient toutefois plus de tombes aujourd’hui, en témoignent également. Après la reine Elisabeth, dix autres membres de la famille des Habsbourg furent inhumés ici.
L’église est une basilique. Ce type d’édifice comprend une nef en trois parties: le vaisseau central élevé, éclairé par ses propres fenêtres, et deux collatéraux plus petits. La nef débouche dans le chœur devant lequel se trouve une séparation, le jubé.
Le chœur constitue le haut lieu de l’édifice, non seulement à cause de ses vitraux, mais aussi du point de vue architectural. La clef de voûte au centre est ornée du Christ et arbore sur le côté l’inscription "Rex Albertus" (roi Albert). En dessous se trouvait jadis le maître-autel de l’église du couvent. Le roi assassiné est donc présent dans le saint des saints de l’église.
À droite, sur le mur sud, est encastrée une vasque, dite piscine : elle servait au lavage rituel des mains. À côté, les sièges des prêtres sont taillés dans la pierre. Le sol du chœur est en partie encore le sol d’origine du XIVe siècle. Les parties manquantes ont été remplacées dans le même style.
Juste à côté du cénotaphe, on peut admirer un ouvrage très rare. Il s’agit d’une chaire mobile en bois, qui a été analysée en 2011. Elle date de l’époque de la fondation du couvent (1314 – 1330). Très peu de telles chaires sont restées conservées jusqu’à nos jours.
Dans la nef se trouvent de nombreuses plaques tombales. La plupart proviennent de l’époque du règne bernois, quelques-unes seulement de tombes médiévales. Sur le mur du bas-côté nord, on aperçoit un panneau peint du XVIIe siècle. Il montre au centre le duc Léopold III de Habsbourg. Il est flanqué de 27 chevaliers tombés avec lui dans la bataille de Sempach en 1386. Léopold III fut le dernier Habsbourg inhumé dans le caveau de Königsfelden.
Sur le mur d’en face, un autre panneau montre les armoiries des gouverneurs bernois qui administrèrent le couvent après la fin du règne des Habsbourg.
Si l’on regarde vers la nef depuis le chœur, on remarque à gauche, à hauteur des fenêtres, une porte murée juste à côté de l’entrée. Elle reliait jadis le couvent de femmes et l’église, et conduisait sur une galerie réservée aux religieuses, qui n’existe plus aujourd’hui, où elles pouvaient assister à la messe.
Lors de la fondation du couvent, l’acte de fondation stipulait que l’on entendait établir deux couvents sur ce site. C’est ainsi que fut créé le double ensemble conventuel.
Au départ, l’église était flanquée de part et d’autre par un couvent. Au nord se trouvait le couvent des Franciscains, dont seul la salle voûtée dite des archives – dont on ignore jusqu’à nos jours la destination effective – échappa à la démolition de 1870. On y voit des peintures murales représentant les chevaliers tombés dans la bataille de Sempach en 1386. Elles servirent de modèle pour le panneau en bois créé au XVIIe siècle qui se trouve dans la nef de l’église du couvent. Les autres éléments du couvent des Franciscains sont indiqués par des dalles de pierre enchâssées dans le sol.
Au sud s’élèvent encore des parties du couvent de religieuses, par exemple le cloître. Les bâtiments qui l’entourent ne donnent, dans leurs dimensions actuelles, qu’une idée approximative des anciens grands bâtiments conventuels de ce côté. La promenade qui ramène à l’église conduit à travers une ancienne ferme avec divers corps de bâtiment. Ces bâtiments furent nouvellement construits ou fortement transformés à l’époque bernoise, notamment le siège du gouverneur avec sa tour d’escalier caractéristique et son portail Renaissance.
Toute l’aire à l’ouest de la façade de l’église était entourée au Moyen Âge de dépendances du puissant couvent de Königsfelden.