Königin Elisabeth gründete 1309 das Kloster Königsfelden, nachdem ihr Mann, König Albrecht von Habsburg, an dieser Stelle ermordet worden war – von seinem eigenen Neffen, der sich um sein Erbe betrogen fühlte. Da der sterbende König seine Sünden keinem Priester beichten konnte, drohte ihm Sühne im Fegefeuer. Dem sollten die Gebete der Klostergemeinschaft entgegenwirken.
Elisabeth umgab die Bettelordenskirche mit einem Kloster für Klarissen im Süden und einem für Franziskaner im Norden. Im Zentrum des Kirchenschiffs befindet sich die Gruft. Dort setzte Elisabeths Tochter Agnes 1316 die Gebeine ihrer Mutter bei. Albrecht selbst ist im Dom von Speyer bestattet.
Agnes wohnte bis zu ihrem Tod 1364 auf dem Klostergelände und leitete die Geschicke der Gemeinschaft, ohne selbst ins Kloster einzutreten. Sie und ihre Brüder statteten das Kloster mit Gütern und Einkünften aus. Agnes sorgte dafür, dass der Chor Fenster mit einem ausgeklügelten Bildprogramm erhielt: Sie zeigen das Leben und Sterben Christi, umgeben von den Aposteln sowie den Ordensgründern Franziskus und Klara.
Die habsburgischen Stifter liessen sich zuunterst in den Scheiben verewigen. Die farbigen Glasfenster entstanden zwischen 1330 und 1350 und zählen zu den herausragenden Kunstwerken des europäischen Mittelalters.
Nach der Schlacht bei Sempach 1386 weitete Königsfelden das Totengedenken aus auf die Ritter aus dem Heer Herzog Leopolds III. von Habsburg. Die Gefallenen sind auf Wandmalereien im Archivgewölbe dargestellt sowie auf einer Tafel im Kirchenschiff aus dem 17. Jahrhundert.
1415 entrissen die Eidgenossen Habsburg den Aargau. Fortan verwaltete ein Hofmeister aus Bern das Eigenamt und führte den Gutshof des Klosters. Er wohnte in der Hofmeisterei westlich der Kirche. Einige Berner liessen sich wie ihre habsburgischen Vorgänger in der Kirche begraben. Eine Wappentafel aus dem 17. Jahrhundert erinnert an sie.
1528 rief Bern die Reformation aus; die letzten Geistlichen verliessen das Kloster. Viele Nonnen waren schon in den Jahren zuvor ausgetreten. Damit endete das Gedenken an die verstorbenen Habsburger. Die Familie überführte die Gebeine 1770 ins Kloster Sankt Blasien im Schwarzwald. Danach verwendete Bern das Kirchenschiff als Kornhaus und die Klostergebäude als Asyl für Arme und Kranke.
1803 ging das Kloster Königsfelden in den Besitz des neu gegründeten Kantons Aargau über. Dieser nutzte die alten Klosterbauten als Heil- und Pflegeanstalt. Das Männerkloster liess er bis auf das Archivgewölbe abbrechen. 1872 eröffnete ein neues Spitalgebäude ausserhalb der einstigen Klostermauern, die heutige psychiatrische Klinik.
Im Lauf des 19. Jahrhunderts erkannten Fachkreise die Bedeutung der Glasfenster. Die erste umfassende Restaurierung versuchte, die Scheiben wieder vollständig herzustellen. 2002 endete die jüngste Restauration.
