Seit 1830 ist die Sammlung kontinuierlich gewachsen und setzt sich aus vielfältigen Beständen zusammen: Sie vereint Nachlässe vieler Aargauer Schlösser und Klöster, zahlreiche Schenkungen privater Sammlerinnen und Sammler, Übernahmen aus Firmenarchiven sowie gezielte Ankäufe. In dieser Vielfalt spiegelt sich die Geschichte und Kultur des Kantons Aargau in ihren unterschiedlichsten Facetten.
Zugleich wird die Sammlung laufend erweitert, um auch künftigen Generationen ein möglichst umfassendes Bild der Aargauer Vergangenheit und Gegenwart zu überliefern und anhand originaler Objekte erlebbar zu machen.
Zu den Kernaufgaben eines Museums gehören das systematische Sammeln, das fachgerechte Aufbewahren und das wissenschaftliche Erforschen von Objekten. Ein Sammlungskonzept legt fest, nach welchen Kriterien Objekte aufgenommen werden. Jedes neu erworbene Stück wird von Fachpersonen inventarisiert, dokumentiert, digital zugänglich gemacht und für eine langfristige Lagerung konserviert. Bei Bedarf erfolgen aufwendige Restaurierungen. Erst durch diese sorgfältige Arbeit können die Objekte ihre Rolle als "Grundlagenmaterial" für Forschung, Ausstellungen und Vermittlungsangebote erfüllen.
Was Besucherinnen und Besucher in den Dauer- und Sonderausstellungen von Museum Aargau – etwa auf den Schlössern – sowie in anderen Kulturinstitutionen sehen, ist somit nur ein kleiner Ausschnitt der Sammlung Museum Aargau. Der weitaus grössere Teil der Sammlung bleibt im Sammlungszentrum Egliswil verwahrt und wartet darauf, in künftigen Ausstellungen ans Licht zu treten und sich als beredtes Zeugnis der Aargauer Geschichte und Kultur zu präsentieren.