Das Geschlecht der Habsburger stammt aus dem Kanton Aargau in der Schweiz. Für lange Zeit lebten diese dort, bevor sich das Herrschaftszentrum unter dem ersten habsburgischen König Rudolf I. ab 1273 in den Südosten des Heiligen Römischen Reiches verlagerte. Noch heute befindet sich im Aargau der Stammsitz, die Habsburg.
Laut der Sage ging der Habicht von Graf Radbot I. auf der Jagd verloren. Er fand diesen auf dem Wüpelsberg wieder und entschloss sich, an derselben Stelle eine Burg zu erbauen. Gleichzeitig stärkte er als weiser Herrscher seine Beziehungen zu den Menschen vor Ort, die er als die "wahren Mauern" bezeichnete.
Schloss Habsburg wurde von Graf Radbot I. um 1020/30 als Rodungsburg gebaut. Zuerst war sie ein grosser landwirtschaftlicher Betrieb, 1070 wurde sie dann zur befestigten Doppelburg ausgebaut.
Schloss Habsburg diente den frühen Habsburgern als Wohnsitz und Verwaltungszentrum. Nachdem die Habsburger ihre Stammburg im frühen 13. Jahrhundert verliessen, übergaben sie die Burg an ihre Dienstleute. Die Habsburg verlor daraufhin ihre zentrale strategische Bedeutung. Unter der Bernischen Herrschaft ab 1415 wurde Schloss Habsburg als Hochwacht in das militärische Alarmsystem Berns integriert.
Friedrich IV. von Habsburg lag wegen des Konzils von Konstanz mit König Sigismund im Streit. Im Jahr 1415 eroberten eidgenössische Orte dann auf Befehl von König Sigismund den habsburgischen Aargau. Die Habsburger wurden so beinahe vollständig aus dem Aargau vertrieben. Die Habsburg – mittlerweile eine Ruine – ging an Bern.
Während die Vordere Burg grösstenteils zerfallen ist, ist der hintere Teil der monumentalen Doppelburg auch heute noch erhalten. Nach dem Wegzug der Habsburger im frühen 13. Jahrhundert begann der Zerfall der Vorderen Burg. Den habsburgischen Dienstleuten fehlten vermutlich die Mittel, um sie instand zu halten. Erst Bern nahm im 16. Jahrhundert erste Sanierungen der Hinteren Burg vor. Im 19. und 20. Jahrhundert führte der Kanton Aargau Um- und Rückbauten durch und begann mit der archäologischen Erforschung.
Die Habsburg ist seit 1804 im Besitz des Kantons Aargau. Seit 2009 gehört das Schloss zu Museum Aargau, das im Turm eine Ausstellung zur Burg im Mittelalter kuratiert. Zudem wird im Schloss ein Restaurant betrieben.