Die Sage erzählt, ein entflogener Jagdvogel habe Graf Radbot den Platz für seine Burg gezeigt: Er errichtete auf dem Wülpelsberg über der Aare seine "Habichtsburg". Gesichert ist, die früheren Habsburger verwalteten von ihrer Rodungsburg aus ihre Grundherrschaft, das spätere Eigenamt, ein Gebiet zwischen Aare, Reuss und Limmat. Was als befestigter Bauernhof begann, bauten die Habsburger schon bald zur monumentalen Doppelburg aus.
Nach 1200 war die Habsburg vollendet. Vordere wie Hintere Burg verfügten über je einen Wohnbau, überragt von flankierenden Türmen. Wenig später verliess das Gründergeschlecht die Burg.
Für die frühen Habsburger war die Burg nur ein Sitz unter mehreren: Mittelalterliche Herrscher ritten stets durch ihre Ländereien, um ihre Macht auszuüben. Seit dem 12. Jahrhundert finden sich Habsburger im Gefolge der Könige des römisch-deutschen Reichs. Ihre Burg hatten sie an Dienstleute verliehen.
Rudolf I. bestieg 1273 als erster Habsburger den Thron des römisch-deutschen Reiches. Mit ihm verlagerte sich das habsburgische Machtzentrum nach Österreich. Durch kluge Heiratspolitik erlangten die Habsburger die Krone von Spanien, Böhmen und Ungarn. Im 16. Jahrhundert besass Karl V. ein Reich, in dem die Sonne nie unterging.
Dem römisch-deutschen Reich waren bis zu seinem Ende im Jahr 1806 zwanzig Habsburger vorgestanden. Die Dynastie herrschte noch bis 1918 als Kaiser über Österreich-Ungarn. Die Familie von Habsburg besteht bis heute.
1415 verlor Habsburg den Aargau – ausser dem Fricktal – an die Eidgenossenschaft. Die Vordere Burg war schon im Lauf des 13. Jahrhunderts zerfallen. Bern richtete auf dem Wülpelsberg eine Hochwacht ein, um bei Gefahr seine Truppen zu mobilisieren. Ein Hofmeister verwaltete die Burg vom Kloster Königsfelden aus.
Seit 1804 ist die Habsburg im Besitz des Kantons Aargau. Er führte in der Vorderen und in der Hinteren Burg archäologische Grabungen durch. Schloss Habsburg gehört seit 2009 zu Museum Aargau.
