L’"Eigenamt", le territoire entre l’Aar, la Reuss et Kestenberg, faisait partie des possessions précoces des Habsbourg.
Au sommet du Wüpelsberg, Radbot construisit vers 1020/30 le château de Habsbourg.
Otto II, le petit-fils de Radbot, fut en 1100 le premier de sa lignée à se donner le nom de "comte de Habsbourg".
Il détenait le comté de Haute-Alsace. Ses descendants habitèrent le château ancestral jusqu’en 1230 environ.
Après 1230, le château de Habsbourg ne convenait plus comme résidence à la famille en plein essor, et fut donné en fief à des ministériaux.
Le château postérieur fut repris par les Truchessen von Habsburg und Wildegg, le château antérieur passa aux mains des seigneurs de Wülpelsberg, et plus tard des chevaliers de Wolen. En 1371, Henman de Wolen réunit les deux fiefs.
Après l’élection du comte Rodolphe de Habsbourg comme roi des Romains en 1273, l’épicentre du pouvoir des Habsbourg se déplaça de plus en plus vers l’est. Les possessions en Suisse, en Allemagne méridionale et en Alsace devinrent leurs "territoires antérieurs".
Avec l’invasion des Confédérés en 1415, les Habsbourg perdirent leur château ancestral, qui se rendit sans résistance aux conquérants bernois.
Henman de Wolen fut contraint de reconnaître la souveraineté des Bernois; appauvri, il céda en 1419 le château à son neveu Peter de Greifensee. Après 1457, ce dernier vendit le château de Habsbourg aux Bernois, qui le revendirent en 1462 à Arnold Segesser. En 1469, il passa aux mains du couvent de Königsfelden.
Après la dissolution du couvent dans le cadre de la Réforme, le château de Habsbourg revint à nouveau à Berne en 1528, et fut géré par les gouverneurs de Königsfelden.
Le château effondré aux deux tiers fut un certain temps occupé par un gardien.
En 1804, le château de Habsbourg devint la propriété du canton d’Argovie.
Plusieurs phases de rénovation du château postérieur resté conservé eurent lieu. De 1978 à 1983, on procéda à des fouilles archéologiques et à la conservation de la ruine du château antérieur. Depuis 2009, le château de Habsbourg fait partie du Musée d’Argovie.
Le château primitif vers 1020/30 se composait essentiellement de constructions en bois.
Seul le bâtiment d’habitation, un ouvrage représentatif et défensif à plusieurs étages, était construit en pierre.
La transformation en double château eut lieu dans le dernier tiers du XIe siècle.
Le château antérieur fut complété par la tour est et la tour nord. Le bâtiment le plus ancien encore conservé du château postérieur est la petite tour qui date de la fin du XIe ou du début du XIIe siècle. Au cours du XIIe siècle, on érigea également dans la cour du château une chapelle à deux étages.
L’agrandissement du château postérieur à l’ouest donna naissance à partir de 1200 au donjon et au mur d’enceinte avec tour de défense sur le versant nord.
Après 1230, on créa avec le "palas" (corps de logis) et le mur de la cour l’ensemble du château postérieur tel qu’on le connaît encore aujourd’hui.
Le château antérieur ayant été abandonné vers 1220/30 et s’étant peu à peu délabré, cela compromettait la défense du château postérieur vers l’est.
Avec un fossé creusé dans la cour du château au XIVe ou XVe siècle, l’approche du château postérieur fut rendue plus difficile.
Après presque trois siècles sans travaux majeurs, Berne amorça des mesures de rénovation du château postérieur.
Le corps de logis et la cour intérieure furent transformés et agrandis à plusieurs reprises. Au plus tard vers 1600, le puits dans la cour du château fut abandonné. Au XVIIe siècle, la chapelle du château et la ruine du château antérieur furent démolies.
À partir de 1866, le canton d’Argovie fit effectuer à plusieurs reprises des travaux de rénovation des bâtiments restés négligés pendant de longues dizaines d’années.
L’aménagement intérieur actuel du corps de logis et de la cour intérieure du château postérieur est issu de travaux de transformation de l’époque moderne, dont la date n’est pas exactement connue, et des rénovations à partir de 1866.
Après de nouveaux travaux de rénovation du château postérieur, on procéda de 1978 à 1983 à des fouilles et à la conservation de la ruine du château antérieur, et dans les années 1994/95 à l’examen de la cour du château.
