Im späten 12. Jahrhundert gründeten die Herren von Hallwyl am Aabach eine kleine Burg.
Sie bestand aus einem Wohnturm, der auf drei Seiten von einem Trockengraben umgeben war. Aussen waren die Turmmauern mit mächtigen Findlingen verkleidet.
Ein vorgelagerter Wirtschaftshof versorgte die Burgfamilie. Er war vermutlich älter als die Burg.
Die Familie von Hallwyl wurde mächtiger – und die Turmburg zu eng. Abhilfe bot der um 1265 östlich des Wohnturms direkt am Bachufer errichtete Palas. Zwei Räume im Erdgeschoss dienten der Vorratshaltung. Im ersten und zweiten Obergeschoss befanden sich Wohnräume.
Spätestens beim Bau des Palas, vermutlich aber schon früher, führte eine Brücke über den Aabach.
In der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts stand Johans I. der Herrschaft Hallwyl vor. Er baute die Turmburg zur zweiteiligen, befestigten Wasserburg aus.
Dafür liess er im Sumpfland der Bachniederung eine künstliche Insel aufschütten, die auf drei Seiten von einer Ringmauer und allseitig von Wassergräben umgeben war. Auch Wohnturm und Palas erhielten rundum Wassergräben sowie eine Schanze.
Die vordere Insel beherbergte eine Burgkapelle, ein hölzernes Backhaus und ein bis heute erhaltener Rundturm. An diesen schloss das Alte Haus an, ein repräsentativer, zweigeschossiger Wohnbau. Auch das Südhaus, der Vorgängerbau des Vorderen Hauses, entstand in dieser Zeit.
Bei der Eroberung des Aargaus durch die Eidgenossen im Jahr 1415 schossen Berner Truppen die Burg in Brand.
Verschont blieben nur der Wohnturm und einige Räume im Palas der Hinteren Burg. Die Herren von Hallwyl liessen die Burg zügig wieder aufbauen und erweiterten sie bei dieser Gelegenheit: Den Palas auf der hinteren Insel verlängerten sie nach Süden. Ein dreigeschossiges Wohngebäude, das Vordere Haus, ersetzte das abgebrannte Südhaus.
Um 1500 liess Dietrich von Hallwyl an den östlichen Ecken der hinteren Insel runde Geschütztürme mit Schiesscharten errichten (Verlies- und Archivturm).
Um 1520 wurde das Alte Haus auf der vorderen Insel abgebrochen. Einige seiner Mauern sowie ein Eingangsportal blieben für das bis heute erhaltene Kornhaus stehen. Das Vordere Haus bekam gegen Westen einen Anbau. Nach 1550 erhielt der Palas auf der hinteren Insel eine Erweiterung gegen Norden.
Burkhard III. von Hallwyl baute die Burg von 1578 bis 1590 zum Schloss aus. Er baute über dem Tor Räume in den Turm und verschönerte das Vordere Haus mit neuen Fenstern und einem Erker. Nun erschlossen Treppentürme anstelle der einstigen Holzlauben die Stockwerke von Vorderem und Hinterem Haus (Palas). Den Palas versah Burkhard im Osten mit einer neuen Fassade und neuen Fenstern; im dritten Geschoss baute er einen Festsaal ein. Auch die Schlossscheune stammt aus dieser Zeit.
Eine Schlossmühle gab es bereits im 14. Jahrhundert. Das heute noch bestehende Mühlengebäude stammt von 1637. Es nimmt unmittelbar nördlich der Schlossanlage eine dritte Insel ein.
Im Erdgeschoss befindet sich der Mahlraum mit drei Mahlgängen, der heute Teil der Ausstellung ist. Im Obergeschoss wohnte der Müller.
1757 liess Bernhardine von Hallwyl die Schlossscheune nach Westen verlängern. Dafür riss man die Schlosskapelle ab, die mit der Reformation ihre Funktion verloren hatte.
Im Osten vor dem Schloss, wo sich heute ein Kiesplatz befindet, legte sie einen grossen Barockgarten an. Auch die Mühle liess Bernhardine erneuern.
Das Vordere Haus brauchte eine Renovation, nachdem es mehrere Jahrzehnte unbewohnt gewesen war.
Um 1810 liess Franz von Hallwyl den alten Wohnturm bis auf das Erdgeschoss abbrechen und neu überdachen.
Hans von Hallwyl versah in den 1860er Jahren die Ringmauer mit Zinnen und schlug eine Brücke über den Südgraben in den neu angelegten Landschaftspark. Von 1871 bis 1873 liess er das Vordere Haus und den Torturm im Stil der Neugotik umgestalten. Noch war der Innenausbau nicht abgeschlossen, als der Bauherr Konkurs machte. Um das Stammschloss der Familie zu erhalten, erwarb es 1874 Hans’ Bruder Walther.
Bis 1910 blieb das Schloss ungenutzt. Walthers Gattin, Wilhelmina von Hallwyl, liess das Schloss 1910 bis 1916 archäologisch untersuchen und nach denkmalpflegerischen Richtlinien restaurieren.
Sie liess die verschlammten Wassergräben reinigen und die Bauten in den Zustand vor der letzten Umgestaltung zurückbauen. Der leitende Archäologe, Nils Lithberg, veröffentlichte seine Befunde in einem fünfbändigen Werk.
Nach dem Tod ihres Gatten gründete Wilhelmina 1925 die Hallwil-Stiftung als Trägerschaft der Schlossanlage und machte diese öffentlich zugänglich.
1994 schenkte die Hallwil-Stiftung das Schloss dem Kanton Aargau.
Von 1997 bis 2004 erfolgte eine Gesamtsanierung. Es galt, die historische Bausubstanz zu erhalten. Überall dort, wo Eingriffe in den Boden oder in historische Bauteile unvermeidbar waren, führte die Kantonsarchäologie Ausgrabungen und Bauuntersuchungen durch.
Seit 2005 veranschaulicht die Dauerausstellung die Geschichte der Familie von Hallwyl und ihre Beziehungen zum Seetal.
Auf der Mühleninsel ersetzte ein Neubau die ehemalige Mühlenscheune.
1167 taucht erstmals ein Mitglied der Familie von Hallwyl in einer Schriftquelle auf: Waltherus de Allewilare war Zeuge für den Grafen Cuno von Lenzburg.
12. Jh.Die Herren von Hallwyl erhielten die landgräfliche Vogtei über den Hallwilersee; wohl von den Staufern oder Kyburgern.
Damit waren sie befugt, rund um den See Recht zu sprechen und Zölle zu erheben. Dies dürfte sie veranlasst haben, am Nordende des Sees ihre Burg zu errichten. Waltherus de Hallewile stand im Dienst der Kyburger. Seine Söhne traten 1263 nach dem Aussterben der Kyburger unter habsburgische Herrschaft. Die Familie hatte ihre Grablege im Kloster Kappel am Albis.
Johans I. (erste Nennung 1305-1348) machte Karriere als habsburgischer Verwalter. Nach dem Vorbild seiner Herren verzeichnete er all seine Güter und Rechte in einem so genannten Urbar.
Er begann, den verstreuten Familienbesitz zu einer geschlossenen Herrschaft zusammenzufügen. Johans amtete auf Schloss Lenzburg als Erzieher Herzog Friedrichs II. von Habsburg. Zu seiner Zeit erreichte die Familie einen Höhepunkt an Macht und Ansehen.
Seine Tochter Udelhild bestimmte Johans für die kirchliche Laufbahn. Als Äbtissin leitete sie das Kloster Königsfelden.
Johans’ vier Söhne schlossen einen Erbvertrag ab, aus dem spätere Generationen die Unveräusserlichkeit der Burg ableiteten. Tatsächlich blieben die "Stammgüter" bis auf eine Ausnahme bis im 20. Jahrhundert in Familienbesitz.
Als die Eidgenossen 1415 den Aargau eroberten, verteidigten die Leute von Rudolf III. (1373-1440) die Hallwyl erfolglos. Die Familie musste Bern als neuen Landesherrn anerkennen, wollte sie ihren Besitz behalten.
Hans (1434-1504) folgte der Familientradition und stellte sich zunächst in den Dienst Österreichs. In den Burgunderkriegen führte er dann 1476 Berner Truppen bei Murten siegreich in die Schlacht gegen Karl den Kühnen.
Hans’ Bruder Dietrich (1462-1509) diente als junger Mann dem König von Frankreich. Nach seiner Rückkehr übernahm er den Familienbesitz, gründete einen Hof, liess Karpfenteiche anlegen und handelte mit Salz.
Hartmann III. (1503-1573) studierte beim Reformator Wolfgang Capito in Basel Theologie.
Nachdem er sich der Reformation angeschlossen hatte, verwarf er den Plan, Priester zu werden. Hartmann trat als Diplomat in den Dienst der Stadt Bern. 1546/47 war er im Schmalkaldischen Krieg Gesandter der Protestanten.
Burkhard III. (1533-1598) stellte in seinem Arzneibuch über 2500 Rezepte zusammen. In seinem Labor machte er Versuche mit Destilliergeräten. Für seine Arzneien verwendete er Heilkräuter, tierische Substanzen und exotische Zutaten aus der Apotheke.
Burkhard erneuerte das Haus- und Turnierbuch der Familie und baute die Hallwyl zum Schloss aus.
In Burkhards Generation spaltete sich die Familie in vier Linien auf: zu Hallwyl, zu Trostburg im aargauischen Teufenthal, im aargauischen Schafisheim, in Württemberg und im Thurgau. Die Schafisheimer Linie setzte sich ab 1580 in Württemberg fort.
Johann Georg (1555-1604) aus dem katholisch gebliebenen Thurgauer Zweig erhielt dank familiärer Beziehungen zunächst eine Pfründe am Domstift in Basel, später in Konstanz. Die Jesuiten hatten ihn geprägt: Er war streng gläubig und förderte Reformen in der katholischen Kirche. 1601 wählte ihn das Domkapitel Konstanz zum Bischof.
Hugo (1576-1649) aus dem Trostburger Zweig trat nach seinem Studium der Rechte in den Dienst Österreichs und begründete die österreichsch-böhmische Linie der Familie.
Gottfried (1640-1731) diente als junger Mann dem Pfalzgrafen und in einem schwedischen Regiment. Er heiratete mit Verena Sandmeier eine Nicht-Adelige. Nach einem Streit mit seinen Verwandten und einem Konkurs verwies ihn Bern des Landes. Er fristete mit seiner grossen Familie ein kümmerliches Dasein in Zürich. Im Alter versöhnte sich Gottfried mit der Verwandtschaft, Bern begnadigte ihn und er kehrte ins Hintere Haus von Hallwyl zurück.
1674 gelangte das Vordere Haus an die mit den Hallwyl verschwägerten Breiten-Landenberg. Schon zuvor war sowohl das Vordere wie das Hintere Haus auf Hallwyl in den Besitz von Familienzweigen ohne Söhne geraten. Es herrschte Unklarheit darüber, ob der Erbvertrag aus dem 14. Jahrhundert noch gelte, demzufolge die Stammgüter nur über die männliche Linie vererbt werden konnten.
1742 gewann Johannes (1688-1753) das Vordere Haus in einem langwierigen Prozess für die Familie zurück. Dessen 39 Jahre jüngere Frau Bernhardine (1728-1779), geborene von Diesbach, wurde nach Johannes’ Tod Oberherrin auf Hallwyl und zog einen Weinhandel auf.
Franziska Romana (1758-1836), aus dem österreichischen Familienzweig, flüchtete aus ihrem Elternhaus in Wien, um ihren Aargauer Verwandten Abraham Johann (1746-1779) zu heiraten. Wie ihre Schwiegermutter Bernhardine wurde auch sie früh Witwe und waltete danach über 50 Jahre als Oberherrin des Schlosses. In der Helvetischen Revolution 1798 verlor Franziska ihre Adelsvorrechte. Dennoch war sie aufgeschlossen für demokratische Ideen und pflegte Freundschaften mit einflussreichen Männern wie dem Pädagogen Pestalozzi oder dem Gelehrten Lavater.
Karl Franz Rudolf (1777-1852) diente unter dem russischen Zaren im tatarischen Kasan.
In steter Geldnot veruntreute er Schmuck und musste seinen Dienst quittieren. Zurück in der Heimat wurde er Herr auf Hallwyl und Grossrat im jungen Kanton Aargau. Franz prozessierte um in der Revolution verlorene Rechte des Hauses und verschuldete sich dadurch. 1833 musste er die Schlossmühle verkaufen.
Hans (1835-1909), Oberst und Aargauer Regierungsrat, erhielt zu seiner Hochzeit das Stammschloss überschrieben. Er wohnte als Letzter zeitweise auf Hallwyl und begann, das Vordere Schloss im neugotischen Stil umzugestalten. 1874 machte er Konkurs und musste den Familiensitz seinem Bruder Walther (1839-1921) verkaufen.
Walthers Frau Wilhelmina (1844-1930) entstammte der reichen schwedischen Industriellenfamilie Kempe.
Sie sammelte Gemälde, Porzellan, Silber, Waffen und Gebrauchsgegenstände. Ihre Sammlungen stellte sie in ihrem Wohnhaus in Stockholm aus, dem heutigen Hallwyl-Museum. Schloss Hallwyl liess Wilhelmina von 1910 bis 1916 archäologisch erforschen und in den Zustand vor 1862 zurückbauen. Nach dem Tod ihres Gatten gründete sie 1925 die Hallwil-Stiftung, die das Schloss öffentlich zugänglich machte.
Die Familie von Hallwyl lebt bis heute. Ihr jüngster männlicher Vertreter ist Christopher von Hallwyl (geboren 1978).