Die Klosterkirche Wettingen wurde 1256 geweiht und mehrfach umgebaut. Sie gehört zu den wenigen früh- und hochmittelalterlichen Klosterkirchen der Schweiz, die ihre originale Bausubstanz erhalten haben.
Die Kirche ist durch einen imposanten Lettner in einen geistlichen und einen weltlichen Bereich unterteilt: Die Mönchskirche mit dem berühmten geschnitzten Chorgestühl war früher den Mönchen und Geistlichen vorbehalten. Die Konversenkirche, der weltliche Teil der Klosterkirche, beeindruckt mit prunkvollen Altären und Bildern.
Die Klosterkirche kann während der Öffnungszeiten des Museums ohne Museumseintritt besichtigt werden. Die Mönchskirche ist Teil des Museums (Besuch mit Eintritt).
