L'église de l’Abbaye de Wettingen a été consacrée en 1256 et a fait l'objet de plusieurs transformations au fil du temps. Elle compte parmi les rares églises monastiques du bas et du haut Moyen Âge de Suisse à avoir conservé sa structure architecturale d'origine.
L'église est divisée en deux parties – l'une sacrée et l'autre profane – par un imposant jubé: l'église des moines, avec ses célèbres stalles sculptées, était autrefois réservée aux moines et au clergé. Quant à la partie laïque de l'église de l'abbaye, elle impressionne par ses autels somptueux et ses peintures.
La partie laïque de l'église abbatiale peut être visitée gratuitement pendant les heures d'ouverture du musée. L'église des moines fait partie du musée (visite payante).
