Der gut erhaltene Kreuzgang mit seinen romanischen und gotischen Masswerken vermittelt einen Eindruck von der klösterlichen Stille, die das Leben in diesen Mauern einst geprägt hat. Im Plattenboden sind kleinformatige Grabsteine von hier bestatteten Mönchen eingelassen. Inmitten des Kreuzganggevierts liegt der idyllische Kreuzganggarten.
Besonders wertvoll ist im Kreuzgang der Glasscheibenzyklus. Private Stifter, befreundete Klöster, aber auch die eidgenössischen Kantone haben dem Kloster Wettingen diese bedeutenden Kabinettscheiben gestiftet. Die frühesten Zeugnisse stammen aus dem 13. Jahrhundert.
Über dem Altar der Kreuzgangkapelle befindet sich das Heiligenbild des "Wettinger Jesuskinds". Das Holzgemälde hatte auf wundersame Weise den verheerenden Klosterbrand vom Weissen Sonntag 1507 überstanden. Die Mönche erkannten darin ein Zeichen des Himmels. Das von Glutlöchern gezeichnete “Jesuskind” wird seither verehrt.
