Le cloître, bien conservé, avec ses remplages romans et gothiques, donne une idée du silence monastique qui régnait autrefois entre ses murs. De petites pierres tombales appartenant à des moines enterrés ici jalonnent le sol pavé. L’idyllique jardin se trouve au cœur du cloître.
Le cycle de vitraux du cloître est particulièrement précieux. Des donateurs privés, des monastères amis, mais également les cantons suisses, ont fait don de ces petits vitraux d'une grande valeur à l'Abbaye de Wettingen. Les plus anciens d'entre eux datent du XIIIe siècle.
Au-dessus de l'autel de la chapelle du cloître se trouve l'image sainte de "l'Enfant Jésus de Wettingen". Cette peinture sur bois a miraculeusement survécu à l'incendie qui a ravagé l'abbaye le dimanche blanc de l’an 1507. Les moines y ont vu un signe du ciel. Depuis ce jour, l'"Enfant Jésus", marqué par des traces de brûlure, est vénéré.
