Die Habsburger legten in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts die Grundsteine von Wildegg auf den Ausläufern des Chestenbergs. Die Burg wurde von untergebenen Adelsgeschlechtern, also Verwaltern bewohnt, zuletzt von den Herren von Hallwyl.
Dann überschlugen sich im 15. Jahrhundert die Ereignisse: Die Habsburger waren beim deutschen König in Ungnade gefallen. Darauf befahl dieser seinen Untergebenen die Besitztümer der Habsburger anzugreifen: Bern und weitere Mitglieder der jungen Eidgenossenschaft lebten seit längerer Zeit in offener Feindschaft mit den Habsburgern. Innert kürzester Zeit eroberten sie die Besitzungen des Adelsgeschlechts.
Die Hallwyler auf Schloss Wildegg leisteten erfolgreich Widerstand und verhinderten die Erstürmung der Burg. Durch ein Waffenstillstandsabkommen wurde erreicht, dass die Besatzung friedlich abziehen konnte. Dadurch gelangte Wildegg mehr oder weniger unbeschädigt in Berner Besitz.
In den folgenden Jahren suchte die Stadt einen geeigneten Käufer, den sie erst 69 Jahre nach der Eroberung finden sollte: den Brugger Landadligen Kaspar Effinger. Ein Mann der unter Berner Flagge gegen die Burgunder gekämpft und Beziehungen zu Bern hatte. 1483 kaufte er Schloss und Domäne für 1730 Gulden und wurde der erste von vielen Effingern, welche bis 1912 auf Wildegg lebten.
Die nächsten 300 Jahre konnten die Effinger gut von ihrem Besitz leben. Neben Abgaben der umliegenden Dörfer Möriken und Holderbank betrieben die Schlossbesitzer mehrere Wirtschaftsbetriebe: Weinschenken, Bauernhöfe, eine Ziegelei, sowie Müller- und Meiereien.
Bernhard Effinger liess um 1700 den mittelalterlichen Wehrbau für viel Geld in ein barockes Lustschloss umbauen und versah dieses mit einer symmetrischen Gartenanlage.
Als die alte Eidgenossenschaft 1798 von französischen Revolutionstruppen überrannt wurde, änderte sich auch für die Bewohner der Wildegg einiges: im neugegründeten Kanton Aargau hatte es keinen Platz für Adelsprivilegien und Standesdünkel.
Obwohl die Effinger einen grossen Teil ihres Besitzes behalten durften, verloren sie die meisten ihrer Privilegien und damit auch ihr Standesbewusstsein. Die geschiedene Sophia Julia Erlach-Effinger, die mit ihrem Halbbruder Albert das Schloss zu der Zeit bewohnte, musste sogar über mehrere Jahre Revolutionstruppen aufnehmen und bewirten.
Im 19. Jahrhundert zeigte sich der soziale Abstieg der Effinger deutlich: Hochzeiten und Nachkommen wurden immer weniger, was die Suche nach einem passenden Erben immer schwieriger machte. Die letzte Bewohnerin aus der Familie Effinger war schliesslich Adelheid Pauline Juliette von Effinger, genannt Julie. Die stolze und strenge Frau blieb ihr Leben lang unverheiratet und vermachte Schloss und Domäne nach ihrem Tod 1912 der Eidgenossenschaft. Als Bedingung verlangte sie dabei, dass an der Bausubstanz und damit auch an ihrer Familiengeschichte nichts verändert werden darf.
Das Zürcher Landesmuseum eröffnete im Auftrag der Landesregierung 1917 das Schlossmuseum. Seit 2011 ist Schloss und Domäne wieder in kantonalem Besitz. Die Kuration übernimmt seither das Museum Aargau.
