Ausgrabungen von 1897 im Amphitheater von Vindonissa führten zu regem Interesse und somit zur Gründung der Gesellschaft Pro Vindonissa. Diese führte mit der Unterstützung von Kanton und Bund weitere Grabungen durch. Schnell wurde wertvolles Fundmaterial zutage befördert. Um die Sammlung der Öffentlichkeit zugänglich zu machen, plante die Gesellschaft schon 1903 ein Museum.
1912 wurde der Bau des in Berlin und Brugg tätigen Architekten Albert Froelich feierlich eröffnet. Der Neubau setzte die in damaligen Berliner Museumsbauten gewonnenen Erkenntnisse erfolgreich um: Das Vindonissa Museum erregte internationales Aufsehen.
Die Eingangsseite des Vindonissa Museums erinnert an ein mächtiges römisches Lagertor. Links davon steht eine Skulptur der kapitolinischen Wölfin, die Romulus und Remus – die sagenhaften Gründer Roms – säugt. An den Längsseiten des Museums prangen Münzen mit den Köpfen der Kaiser des ersten Jahrhunderts.
Das Vindonissa Museum hat die Zeit fast unbeschadet überstanden. Bau, Skulptur, Malerei und Ausstellungsvitrinen verbinden sich heute noch zu einem Gesamtkunstwerk.
Das Museum wird heute vom Museum Aargau betrieben. Das Gebäude ist nach wie vor im Besitz der Gesellschaft Pro Vindonissa.
